taxon lfc_(Intercept) lfc_GroupInoculum - Heat-Killed Gingivitis se_(Intercept) se_GroupInoculum - Heat-Killed Gingivitis W_(Intercept) W_GroupInoculum - Heat-Killed Gingivitis p_(Intercept) p_GroupInoculum - Heat-Killed Gingivitis q_(Intercept) q_GroupInoculum - Heat-Killed Gingivitis diff_(Intercept) diff_GroupInoculum - Heat-Killed Gingivitis passed_ss_(Intercept) passed_ss_GroupInoculum - Heat-Killed Gingivitis Anaeroglobus -1.83272430860004 2.51902825534923 0.226308289999941 0.421886382033886 -8.09835251108353 5.97086884673821 0.000190114528573293 0.000989469005568218 0.0108365281286777 0.0603576093396613 TRUE FALSE TRUE TRUE Prevotella -0.134445760280865 0.0416942801408206 0.129212248757201 0.307111500210766 -1.04050321524469 0.135762679392359 0.328528006416455 0.895362900447351 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Staphylococcus NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Riemerella 0.42729079293899 -1.08177882629889 0.124368763915283 0.320155278129465 3.43567612547836 -3.37891923137822 0.00888021510824269 0.00965710070636703 0.355208604329707 0.473197934611984 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[G-7] -0.533682577028897 0.840167913636884 0.131654010964105 0.348424517672608 -4.05367503140033 2.41133407961358 0.00366546446200921 0.0424198032432917 0.161280436328405 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Shuttleworthia -1.51529148483526 2.47784992534732 0.0812797162380045 0.31052183210452 -18.6429229206234 7.97963192653486 3.17124327686942e-07 9.26447083550244e-05 2.37843245765207e-05 0.00685570841827181 TRUE TRUE FALSE TRUE Lautropia 0.69010766989987 -1.60741258022065 0.101701201710102 0.290577270850587 6.7856392874001 -5.53179047870944 0.000139858223314565 0.000552664448295001 0.00825163517555932 0.0359231891391751 TRUE TRUE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-1] 0.0416017731839851 -0.310400786788879 0.125196260899577 0.28636124178334 0.33229245733908 -1.08394831945773 0.748207693240025 0.309971280987143 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Lachnospiraceae_[G-3] -0.459070864990118 0.690944489559328 0.0686116808044348 0.272384200345824 -6.69085583690359 2.53665406687353 0.000154153350439635 0.0348920590475158 0.00894089432549881 1 TRUE FALSE TRUE TRUE Actinomyces 0.328692405827741 -0.884582052076391 0.110122122537429 0.275263539018903 2.98479904177311 -3.21358235540104 0.0174720059551898 0.0123576525909968 0.646464220342023 0.573093213586149 FALSE FALSE TRUE TRUE Kingella 0.668207893236321 -1.56361302689355 0.1545384466566 0.463203648658811 4.32389420039369 -3.37564920185956 0.00253273596198802 0.00970399749982383 0.113973118289461 0.473197934611984 FALSE FALSE TRUE TRUE Alloprevotella -1.2200141239572 2.2128310074935 0.0932166553033711 0.354771387905422 -13.0879414197678 6.23734349198254 1.10371031823873e-06 0.000249104969565507 8.16745635496658e-05 0.018184662778282 TRUE TRUE TRUE TRUE Weeksellaceae_[G-1] 0.057305108589682 -0.341807457600274 0.115924721695745 0.266717919306663 0.494330352934419 -1.28153165894818 0.634359835216687 0.235900608614342 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Centipeda -0.586765909507578 0.806503889757505 0.154008636826712 0.313643563806387 -3.80995456876745 2.571402645633 0.00662829988582251 0.036932275683561 0.271760295318723 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Serratia NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Ruminococcaceae_[G-2] -1.28362261574735 1.36126351670023 0.216330220382117 0.378287988837064 -5.93362597920903 3.59848463834401 0.00194025637022081 0.0155681035322908 0.0892517930301573 0.684996555420795 FALSE FALSE TRUE TRUE Veillonellaceae_[G-1] -0.198813071564496 0.170428902708083 0.0848331843651445 0.320405780950399 -2.3435766681674 0.531915816882425 0.0471516871918142 0.609234022836228 1 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Dialister -0.184113132976218 0.141029025531527 0.107470566076328 0.279443833328068 -1.71314937380582 0.504677536991695 0.125037641821501 0.627390305729704 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Pseudoleptotrichia 0.819421548049073 -1.86604033651906 0.117354100433959 0.309188327222962 6.98247053165564 -6.03528714450276 0.000114628564326815 0.000310947243932175 0.00699234242393573 0.0217663070752523 TRUE TRUE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[G-6] NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Lachnoanaerobaculum 0.248017360687244 -0.723231961795397 0.102072447972733 0.290601062044083 2.42981691546673 -2.48874507446117 0.0412140135931155 0.0375956913008698 1 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Cardiobacterium 0.543479107155571 -1.31415545473205 0.0502020516184488 0.352223278567795 10.8258345950915 -3.73102953352672 4.67985498360254e-06 0.00577920539035787 0.000341629413802985 0.306297885688967 TRUE FALSE TRUE TRUE Stomatobaculum -0.028353300219996 -0.170490639980917 0.0904659617453926 0.321660085591804 -0.313414014210046 -0.530033559082225 0.761981821118481 0.610479667293838 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Olsenella 0.0212022048171974 -0.269601650055305 0.0693498654133701 0.27550529974273 0.30572813214299 -0.978571556725268 0.767615906915916 0.35645272998242 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Granulicatella 0.687962149518954 -1.60312153945882 0.0917531647774212 0.270538752425189 7.49796643187014 -5.92566323710732 6.94109869241677e-05 0.000351446863885651 0.00437289217622257 0.0238983867442243 TRUE TRUE TRUE TRUE Eikenella 0.276833023369676 -0.780863287160261 0.106179835029422 0.361855836478581 2.60720901754053 -2.15794028572061 0.0312655900373982 0.0629912261826813 0.969233291159344 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Solobacterium -0.315544321015062 0.403891401609215 0.220044954667083 0.414914755898349 -1.43399934569036 0.973432243292319 0.189479616496925 0.358848506548497 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Slackia -1.31542517208618 1.73862502644959 0.209987194973624 0.375789383979422 -6.26431136551639 4.62659431205433 0.000768369104985697 0.00359047214685417 0.0399551934592563 0.197475968076979 TRUE FALSE FALSE TRUE Mogibacterium -0.388356845445325 0.54951645046974 0.0683630903002209 0.233409673202781 -5.68079710469247 2.35430024355646 0.000464563804244505 0.0463689480784598 0.0250864454292033 1 TRUE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-3] -0.366830503071869 0.506463765722827 0.1166595724188 0.271004042532297 -3.14445266227252 1.86884210652492 0.0137127664431406 0.0985822762613508 0.521085124839344 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Fretibacterium -1.08111328063273 1.93502932084455 0.189607342387383 0.337572073756355 -5.70185345683463 5.73219608871192 0.000453410192428081 0.000437851759437584 0.0249375605835445 0.0288982161228805 TRUE TRUE TRUE TRUE Neisseria 0.554415538473238 -1.33602831736739 0.120347259083142 0.265767164295166 4.60679821623705 -5.02706314721244 0.00173992656015817 0.00101788023868102 0.0817765483274338 0.0603576093396613 FALSE FALSE TRUE TRUE Selenomonas -0.0504814018615312 -0.126234436697847 0.156941080460937 0.309895785377332 -0.321658304589639 -0.407344799943449 0.755955150341321 0.694436806705616 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Campylobacter 0.0398018444267735 -0.306800929274458 0.0795383512290368 0.40022996446214 0.500410730317518 -0.766561618360485 0.630259525761275 0.465358626332638 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Johnsonella 0.0406132197785702 -0.30842367997805 0.11937025038763 0.315311821765588 0.340228990445167 -0.978154508292879 0.742445285829391 0.356646693719158 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Streptococcus 0.653695816004269 -1.53458887242945 0.116565679545657 0.303901509080968 5.60796126743487 -5.04962570626981 0.000505532527090071 0.000989713378224444 0.0267932239357737 0.0603576093396613 TRUE FALSE TRUE TRUE Bulleidia -0.99698454005652 0.934975464845586 0.0604201723072065 0.313729436157976 -16.5008556246306 2.9801968100143 1.49221690239964e-05 0.0307929435449595 0.00102962966265575 1 TRUE FALSE TRUE TRUE Schaalia 0.00740676092274038 -0.242010762266391 0.0907382534846837 0.303021101312135 0.0816277660004843 -0.798659767317989 0.936948008490337 0.447546865673224 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Mycoplasma NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Fusobacterium -0.140918509872709 0.0546397793245066 0.125523574304216 0.286561147476865 -1.12264577115356 0.1906740666193 0.294148123395128 0.853530826804522 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-5] -0.957355147652074 1.68751305488324 0.243188585034231 0.37325187155484 -3.9366779798374 4.52111076591159 0.00431598910431515 0.00194705232872334 0.185587531485551 0.11098198273723 FALSE FALSE TRUE TRUE Filifactor -0.594307248353587 0.961417256286264 0.199750653437904 0.427239489666481 -2.97524557804932 2.25030054463548 0.017728593392114 0.0545417200909927 0.646464220342023 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Ruminococcaceae_[G-1] 0.324700621249692 -0.876598482920293 0.0448381425936698 0.233296942533456 7.24161623268338 -3.7574366530525 8.87745989007332e-05 0.00556469622051801 0.00550402513184546 0.300493595907972 TRUE FALSE TRUE TRUE Bacteroidetes_[G-3] 0.0678087245932819 -0.530740359776655 0.101847246419737 0.327402098224488 0.665788491854022 -1.62106584733231 0.535025804557224 0.165929782461239 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-6] -0.77523017234089 1.14573956285746 0.151120026230681 0.30677651042211 -5.12989702077949 3.7347695274354 0.00135380468407288 0.00731278808569885 0.0649826248354982 0.38026498045634 FALSE FALSE FALSE FALSE Peptostreptococcus -0.869996932533443 1.51279662464598 0.298256230513895 0.469448929818664 -2.91694470567954 3.22249456448933 0.0193817688540866 0.0121934726294925 0.678361909893033 0.573093213586149 FALSE FALSE TRUE TRUE Lachnospiraceae_[G-7] NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Lancefieldella -0.476299930377223 0.725402620333536 0.092533129127456 0.28358881470461 -5.14734490088586 2.5579380522787 0.000877179072708314 0.0337550962820396 0.044736132708124 1 TRUE FALSE TRUE TRUE Oribacterium -0.0270633372520645 -0.17307056591678 0.0969032360078445 0.291883083437254 -0.279282079391794 -0.592944832152235 0.787112608198339 0.569596204995172 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[G-1] -1.21566281021306 1.91352356513989 0.223299999714116 0.398568560213711 -5.44407887044082 4.80098973214011 0.000962050941098552 0.00196404212788161 0.0481025470549276 0.11098198273723 TRUE FALSE FALSE FALSE Scardovia 1.55811593116735 -4.29438672421962 0.155135719951928 0.31426738154729 10.0435665728702 -13.6647548437139 5.65013794945523e-05 9.54163061925082e-06 0.0036725896671459 0.000725163927063063 TRUE TRUE TRUE TRUE Peptostreptococcaceae_[G-9] -0.355184780595826 0.483172320770741 0.168334007135145 0.317562335830418 -2.11000015172615 1.52150386319353 0.0678732902544784 0.166627836496669 1 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Peptostreptococcaceae_[G-5] -0.581994080751019 0.936790921081128 0.203134084746641 0.444964152535952 -2.86507348816872 2.10531773344469 0.020987157650835 0.0683695826686577 0.713563360128389 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Peptidiphaga 0.693947438653091 -1.61509211772709 0.0677476565029131 0.262176193472874 10.2431209354563 -6.16033094512907 7.09259207428772e-06 0.000270913679006398 0.000503574037274428 0.0194341766509137 TRUE TRUE TRUE TRUE Bifidobacterium -3.16028292966083 3.30905911742422 0.0334009522036049 0.286058353933475 -94.6165519592504 11.5677765460182 7.4809962369334e-08 0.000319020697392519 5.68555714006939e-06 0.0220124281200838 TRUE TRUE TRUE TRUE Tannerella -0.186630327347436 0.146063414273963 0.122722187903416 0.279855258218077 -1.52075456391241 0.521924852168201 0.166812581501717 0.615861276586371 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Rothia 1.09115642982727 -2.40951010007544 0.113696033421457 0.271790116212992 9.59713718228396 -8.86533378641038 1.152847845183e-05 2.07004368689884e-05 0.000806993491628099 0.00155253276517413 TRUE TRUE TRUE TRUE Saccharibacteria_(TM7)_[G-2] NA NA NA NA NA NA 1 1 1 1 FALSE FALSE FALSE FALSE Bacteroidales_[G-2] -0.200014213844974 0.172831187269039 0.14207858739824 0.315010999149174 -1.40777169528258 0.548651278005675 0.196848263560682 0.598218691041829 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Arachnia 0.663397324756636 -1.55399188993418 0.0817842126228825 0.252120302806646 8.11155727347582 -6.16369198606729 3.95197204457501e-05 0.000269919120151579 0.00264782126986526 0.0194341766509137 TRUE TRUE TRUE TRUE Porphyromonas -0.107647115051914 -0.0119030103170815 0.122913210666498 0.27879839663778 -0.875797763870921 -0.042693969766785 0.406666649279238 0.966991848201506 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Corynebacterium 0.432251558088808 -1.09170035659853 0.116431496765861 0.309596735045623 3.71249679077859 -3.52620112882537 0.00593501544132493 0.00777506396053847 0.249270648535647 0.396528261987462 FALSE FALSE TRUE TRUE Capnocytophaga 0.41923891418375 -1.06567506878841 0.0480520767807645 0.307702942295634 8.72467835462158 -3.46332427255289 2.32728362536717e-05 0.00852600313973987 0.00158255286524968 0.426300156986993 TRUE FALSE TRUE TRUE Haemophilus 0.912104221644861 -2.05140568371063 0.120357669306834 0.35053170152174 7.57828085985603 -5.85226863877075 6.43474815198429e-05 0.000381794795315894 0.00411823881726995 0.0255802512861649 TRUE TRUE TRUE TRUE Treponema -0.640799699945754 1.0544021594706 0.092730747464829 0.332499503944121 -6.91032605111694 3.17113904521133 0.000123238536916766 0.0131720342915992 0.00739431221500595 0.592741543121964 TRUE FALSE TRUE TRUE Leptotrichia 0.227712336567252 -0.682621913555415 0.0827937642572473 0.276241051805386 2.75035612416088 -2.47110959466056 0.0250451386138373 0.0386435419262183 0.82648957425663 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Ottowia -0.118234950485073 0.00927266054923769 0.360424626310395 0.683190526916458 -0.328043484973333 0.0135725836116161 0.751299669359237 0.98950335296721 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Abiotrophia 0.320658122153625 -0.868513484728161 0.289335342380101 0.436741192910867 1.10825770372835 -1.98862277894957 0.299954341435792 0.0819475598153933 1 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Aggregatibacter -0.0596909485326938 -0.107815343355522 0.123644002699789 0.411868201221155 -0.482764608305547 -0.261771467270012 0.642196310592995 0.800111363323317 1 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Peptococcus -1.02380462011662 1.82041199981233 0.178017004369255 0.366811928705633 -5.75116193952446 4.96279389341564 0.000428425407203986 0.00110302391184239 0.0239918228034232 0.0639753868868587 TRUE FALSE TRUE TRUE Gemella -0.299701709971528 0.372206179522147 0.109481310421345 0.300053860541176 -2.73746915174935 1.24046455809913 0.0255490029642307 0.249948729272993 0.82648957425663 1 FALSE FALSE TRUE TRUE Absconditabacteria_(SR1)_[G-1] -0.342914755930468 0.458632271440027 0.101035201691079 0.274090308578977 -3.39401268261877 1.67328890181418 0.00944372461106303 0.132807334520098 0.368305259831458 1 FALSE FALSE TRUE FALSE Catonella -0.874836557392251 1.52247587436359 0.0817208270913465 0.284836109058983 -10.705184816771 5.34509434001686 5.09219108242776e-06 0.000689900533404861 0.000366637757934799 0.0434637336045062 TRUE TRUE TRUE TRUE Parvimonas -0.345384927897216 0.463572615373521 0.140492543424861 0.340317411982091 -2.45838618532759 1.36217718827127 0.0394178311058838 0.21025491006137 1 1 FALSE FALSE FALSE TRUE Lachnospiraceae_[G-2] -1.43500115770287 2.30833259062154 0.271446234386981 0.402341102492945 -5.28650235632701 5.7372527348533 0.00113996196283555 0.000707630523499477 0.0558581361789419 0.0438730924569676 FALSE TRUE FALSE TRUE Veillonella 0.840331341769779 -1.90785992396047 0.10744441653502 0.344964134433886 7.82107966956 -5.53060371650351 5.13709039624886e-05 0.000553435929836568 0.00339047966152425 0.0359231891391751 TRUE TRUE TRUE TRUE